（一）特许经营是总部和加盟店依照特许经营合同成立的，而自由连锁是各企业自发、自愿共同结成的组织。特许经营加盟店在合同期内不能自由退出，自由连锁的各店铺可以自由退出。

（二）特许经营的加盟店与总部之间是纵向关系，各加盟店没有横向联系。自由连锁的各店铺之间则存在横向联系。自由连锁各店铺的经营自主权比特许经营加盟店多，相互联系更为松散。

（三）特许经营中没有总部对加盟店的利润返还机制。自由连锁是由店铺集资组成，所以各店铺可以得到由总部利润中作为战略性投资的、持续性的利润返还。

（四）特许经营中有特许经营费用和保证金等。自由连锁总部一般是非营利性机构，不收或收取少量的会费。

（五）特许经营体系通常依托于特许人开发的品牌和技术等经营资源，而自由连锁则没有这些特点。