特许经营合同涉及诸多的法律的、技术的和管理的专业问题，对合同中出现的一些专业用语，如管理体系、商标许可使用、区域保护、加盟金、特许经营使用费、产品和服务的内容等。因对上述专门用语的理解不同，特许双方经常发生纠纷。为了避免这种情况发生，对这些专门用语的内涵和外延进行明确界定具有重要的意义。如某特许经营合同规定：“管理体系是指特许人所有的有价值的专用商名、商标、建筑风格、培训体系、财务体系、经营诀窍和专有技术。它的核心内容是某某商标及其经营管理标准和技术质量标准”。又如：“本合同所称产品是指特许人代理销售的某某牌石油化工全系列产品及特许人代理的各种汽车清洗养护设备。包括......”。

尽管在特许经营合同中，双方是各自独立的民事主体，但实践中经常会出现这样两种情况：一是被特许人可以作为分特许人，其发展的加盟商因和分特许人的纠纷而直接要求特许人负责；二是被特许人的顾客因和被特许人的纠纷而直接找到特许人。虽然最终特许人可能不承担责任，但毕竟会给其带来麻烦，以及时间和精力上的损失。因此，合同中最好明确：双方的法律地位是平等的，双方之间是合作的关系，在法律上也仅是基于特许经营合同建立的特许经营法律关系，而不是任何共同投资、承包、合伙、委托、代理、雇佣或者公司与分公司的关系。双方各自独立核算、自负盈亏。任何一方均无权以对方的名义订立合同或从事其他行为，使对方对第三方承担责任。否则对方有权进行追偿，并有权要求赔偿其损失。在承担法律责任问题上，双方除因本合同关系需要承担责任外，本合同之外的法律责任均应各自承担。

被特许人在与特许人签定合同后，一般要设立加盟店。加盟店的形式采用“个体工商户”和“个人独资企业”的较多见，但也有采用“合伙企业”和“公司”形式的。无论何种形式，都应该明确：加盟店视为被特许人本身，享有本合同约定的权利，承担本合同约定的义务。

在被特许人采取“合伙企业”的形式设立加盟店时，其应将拟订中的合伙人的基本信息书面通知特许人，经特许人认可后，被特许人才能与拟订中合伙人签定合伙协议。合伙协议中应当载明合伙企业专为开加盟店而设立，合伙企业及合伙人完全受本合同约束，并秉承善意履行本合同。合伙协议应交一份给被特许人备案，如被特许人或合伙企业的内部组织有任何变动时，被特许人应及时将变更情况报告特许人。

在被特许人采取“公司”的形式设立加盟店时，其应将拟订中的股东的基本信息书面通知特许人，经特许人认可后，被特许人才能与拟订中的股东签定出资协议，且被特许人最好处于控股地位。非经特许人书面同意，被特许人在本合同期间不得转让其所有的股份，否则，特许人享有本合同解除权。出资协议中应当载明公司专为开加盟店而设立，公司及其股东完全受本合同约束，并秉承善意履行本合同。出资协议及公司章程应交一份给被特许人备案，如被特许人或公司的内部组织有任何变动时，被特许人应及时将变更情况报告特许人。

《条例》第十二条规定“特许人和被特许人应当在特许经营合同中约定，被特许人在特许经营合同订立后一定期限内，可以单方解除合同”。本条是对被特许人的保护条款。在特许经营合同签订之前，由于合同双方在谈判实力、经验方面的差别，或者由于被特许人受到某些误导，可能导致一时冲动决定签约，从而没有反映被特许人的真实意思。因此，本条借鉴国外特许经营立法经验，明确规定特许经营合同中必须约定一个“冷静期”，以缓冲一下被特许人的投资冲动，使其平静下来认真斟酌，并赋予其反悔的权利，以便更好地保护自己的利益。这种悔约权是一种法定的合同解除权而非违约特权，更不能解释为特许人也有权单方解除合同。

但是，本条并没有明确规定“冷静期”的具体期限，这使被特许人行使这项权利时如何掌握以及特许人在招商过程中如何规范留下了一个很大的问题。冷静期过短不利于保护被特许人，达不到立法初衷。冷静期过长又可能导致被特许人权利滥用，损害特许人的合法权益，有悖于公平原则。

商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。商业秘密的属性：实用性、保密性。特许经营合同的核心是无形资产的许可使用，其中对经营诀窍、技术机密等的保密问题十分重要。因此特许经营合同都有保密条款。如某特许经营合同规定：“乙方（被特许者）及加盟店应将《手册》及为履行本合同所制定或批准的其它资料所含内容列为机密，并使处于保密状态。未经甲方（特许人）书面同意，乙方及加盟店不得复制、记录或以其它方式泄露给他人，乙方及加盟店承诺在整个合同期内和合同期满后十年内，不将其所知悉的任何保密的知识、经营方法等向其他个人、组织、公司透露”。

特许经营最大的弱点就是容易制造出竞争者，为了防止被特许者学到企业的经营诀窍和技术机密后独立开展特许经营业务，特许人往往在特许经营合同中规定限制竞争条款。如某特许经营合同规定：“被特许人承诺‘在本合同有效期以及合同有效期届满后十年内，被特许者不得从事与甲方（特许人）业务有竞争性的经营活动’”。同时，特许合同还可以包含竟业禁止条款，竟业禁止条款是指特许者要求加盟者与其员工签订含有竟业禁止条款的劳动合同。

加盟店经营好坏不仅关系到加盟店的切身利益，而且关系到整个特许经营体系的成败。因此特许人对申请加盟者需要进行甄选，只有经考核合格的申请者才获准进入特许经营体系。所以，特许人不允许被特许人擅自转让加盟店，对此，特许人应在合同中明确合同转让的条件。另一方面，申请加盟者应该充分注意不易退出特许体系这一点。如某特许经营合同规定：“未经特许人的书面同意，乙方（被特许人）不得擅自将加盟店转让给他人。否则，甲方（特许人）有权解除本合同，并追究乙方的违约责任”。

由于加盟店经营的好坏关系到整个特许经营体系的利益，一旦某一个加盟店经营不善关门歇业，整个特许经营体系的声誉和形象将受到影响。在这种情况下，特许人总是要力图接管该加盟店，使其尽可能恢复经营。但是，对于一些投资大且必须在繁华地段开业的加盟店，特许人的接管有时会遇到门店租赁的问题。如某特许人在某大城市有一家加盟店，开业时间是二OO五年底，被特许人的门店租赁期十年。开业后，由于被特许人没有经验，加上没有投入足够的精力进行经营管理，经营情况不理想。经协商，被特许人同意由特许人接管该加盟店，特许人拟将该店的经营权授予给另外一个申请加盟者，但这涉及到门店转租的问题。由于房价上涨等原因，原房东坚决不同意加盟店的接管者继续承租该门店，而有关法律规定转租房屋必须经出租人同意。致使特许人被迫放弃接管该加盟店的计划，特许经营体系在该地区的形象和声誉受到一定的影响。其实这种情况是可以避免的。做法是：在被特许人与出租人签订门店租赁合同时，特许人可以作为第三方介入，签订一个三方合同。在合同中规定，如被特许人经营不善或其他原因需将加盟店交给特许人接管时，在合同规定的承租期内，被特许人有转租权，特许人或其同意的其他组织或个人享有承租权。