《条例》第五条规定，“国务院商务主管部门依照本条例规定，负责对全国范围内的特许经营活动实施监督管理。省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门和设区的市级人民政府商务主管部门依照本条例规定，负责对本行政区域内的特许经营活动实施监督管理”。第八条规定，“特许人应当自首次订立特许经营合同之日起15日内，依照本条例的规定向商务主管部门备案。在省、自治区、直辖市范围内从事特许经营活动的，应当向所在地省、自治区、直辖市人民政府商务主管部门备案；跨省、自治区、直辖市范围从事特许经营活动的，应当向国务院商务主管部门备案”。

由此可见，《条例》规定的是“两级备案三级监督管理”制度，即只有商务部和省、自治区、直辖市两级商务主管部门负责备案；商务部和省、自治区、直辖市及设区的市级商务主管部门负责监督管理。县级商务主管部门没有管辖权。但根据有关法律、法规的规定，上级商务行政主管部门可以将备案材料的审查工作以及行政执法中的调查取证工作等转交下级商务行政主管部门办理。